Se ştie că regele Irod este cel care a poruncit tăierea capului Sfântului Ioan Botezătorul, la cererea Irodiadei. Ioan era întemniţat în castelul de la Maherus. Îl mustrase pe Irod pentru traiul nelegiuit cu Irodiada, soţia fratelui său. Turbând de furie, Irodiada a sfătuit-o pe Salomeea, fiica ei, care dansase şi le făcuse pe plac oaspeţilor (îndeosebi lui Irod) să ceară capul Botezătorului drept răsplată.
Pentru că se temea că Botezătorul ar putea învia dacă trupul i-ar fi fost îngropat alături de cap, Irod le-a dat ucenicilor doar trupul, care a fost îngropat în Sevastia. Capul a fost îngropat de Irodiada chiar în curtea sa.
Potrivit tradiţiei, Ioana, femeia dregătorului lui Irod, a luat capul Sfântului Ioan şi l-a îngropat la Ierusalim, pe Muntele Eleonului, într-un vas de lut. Aceasta e socotită cea dintâi aflare a sfântului Cap. După un timp, un om bogat a crezut în Hristos şi, lepădând lumea, s-a făcut monah, luându-şi numele de Inochentie. El s-a sălăşluit chiar în locul unde era îngropat Capul Sfântului Ioan. Vrând să-şi facă o chilie, acesta a săpat şi a descoperit vasul de pământ în care se afla Capul, ce prin descoperire dumnezeiască a aflat că este al Sfântului Ioan. El a cinstit cu evlavie moaştele, apoi le-a îngropat la loc.
În vremea Sfinţilor Împăraţi Constantin şi Elena, prin alţi doi monahi, cinstitul cap a ajuns la Emesa, în Siria, la un olar, iar în anul 453 Episcopul Uranie al Emesei l-a aşezat în biserica cetăţii. Este socotită a doua aflare a cinstitului cap. În timpul conflictului iconoclast, capul Sfântului Ioan a fost îngropat la Comane, de unde a fost adus apoi la Constantinopol de către Sfântul Ignatie (860), în vremea împăratului Mihail. Este cea de-a treia şi cea din urmă aflare a Capului. În timpul cruciadelor, latinii au luat o parte din capul Sfântului Ioan Botezătorul şi l-au dus în Franţa (1204), aşezându-l în biserica din Amiens, unde se află şi azi.